同时，戚继光又是一位杰出的兵器专家和军事工程家，他改造、发明了各种火攻武器；他建造的大小战船、战车，使明军水路装备优于敌人；他富有创造性的在长城上修建空心敌台，进可攻退可守，是极具特色的军事工程。
[2]
南征倭寇
戚继光半身画像
公元1557年（
嘉靖三十六年），倭寇进犯
乐清、
瑞安、
临海等地，戚继光率军前往救援，但因为道路隔绝而没有来得及，朝廷也因此不治戚继光的罪。而后，汪直余党作乱于
岑港，戚继光与
俞大猷两军会合，前往围攻。但很长时间都没有攻下来，于是朝廷将戚继光、俞大猷等人全部罢免，让其带罪杀敌。驻守在岑港的倭寇抵御不住戚继光与俞大猷的进攻，于是打算逃走。
[8]
公元1558年（嘉靖三十七年），倭寇造好了大船，准备驾船夜遁，俞大猷和戚继光趁机发动进攻，击沉倭寇大船，余党向闽南逃窜。
[9] 从岑港逃走的倭寇又在台州烧杀抢掠，
给事中罗嘉宾等人弹劾戚继光故意放走岑港的倭寇，有通倭的嫌疑。正要准备治罪，戚继光却因平定汪直的功劳而复官，让戚继光守卫守台、金、严三郡。
[10] 戚继光到浙江赴任后，发现卫所的将士作战能力一般，而金华、义乌的人比较彪悍，于是戚继光前往招募了三千人，在戚继光的指导训练下，将其练成一支精锐的部队，后称“戚家军”。戚继光根据南方多沼泽的地理特点制定阵法，又给他的部队配备火器、兵械、战舰等装备，戚家军因此名闻天下。
[11] 公元1561年（嘉靖四十年），倭寇大举进攻
桃渚、圻头等地，戚继光率军扼守桃渚，于龙山大破倭寇，戚继光一路追杀至雁门岭。倭寇遁走之后，趁虚袭击台州，戚继光一马当先手刃倭寇首领，余党走投无路，全部坠入瓜陵江淹死。而圻头倭寇竟又来侵犯台州，戚继光率军于仙居将其全歼。
[12] 台州大捷后，戚继光官升三等。而后，闽、广一带的倭寇流入江西一带作乱，总督
胡宗宪无法平定，于是让戚继光来增援，戚继光率军于上坊巢将其击破，倭寇奔走建宁，戚继光引军回浙江。
[13] 倭寇声势浩大，当地官军不敢进攻，于是
胡宗宪传令让戚继光带兵剿贼。戚继光领命后引兵先进攻
横屿，横屿四面水路险隘不易通行，戚继光命将士们每人手持一束稻草，填壕而进，大破横屿倭寇，斩首两千二百余级。而后，戚继光乘胜追击，杀至福清，捣毁
牛田，端了倭寇巢穴。倭寇余党慌忙逃往
兴化，戚继光也不停歇，一路狂追，又捣毁倭寇据点六十余营，斩首无数。
[15] 戚继光平定福建倭患后班师回浙江，行至福清，遇见少量倭寇从东营澳登入，戚继光率兵急攻，斩首两百人。经过几番战斗，闽广一带的倭寇几乎被戚继光杀光。
[16]
莆禧古城北门戚继光石雕像
戚继光回到浙江后，从日本国本土而来的新的倭寇又伺机侵略，他们人数日益壮大以后，袭击兴化，但围攻了好几个月都没有攻下来。而此时
刘显派了八个人带着书信到兴化传达信息，被倭寇拦杀，倭寇就换上刘显使者的服饰骗开城门，趁机攻陷了兴化城。
[17]
倭寇攻陷兴化后，刘显率兵逼近兴化，但因为兵少，刘显不敢擅自攻城，却因此被弹劾，背负罪名。
[18] 而福建总兵
俞大猷也表示需要有大军合围。
[19] 公元1563年（嘉靖四十二年），朝廷以谭纶为
右佥都御史，巡抚福建前来支援，而都指挥
欧阳深却中了倭寇埋伏搏战而死，倭寇遂占据
平海卫。
[20] 四月，戚继光率领浙江兵前来支援。戚继光到后，谭纶立刻筹备对倭寇的总攻，先在各海道上环立栅栏阻断倭寇归路，而后谭纶以刘显为左军，俞大猷为右军，谭纶自领中军，以戚继光为先锋，围攻平海卫，一举告破，斩首两千余级，戚继光等率兵追击，倭寇道路不通，又被斩杀三千多人。于是刘显等复兴兴化。朝廷以戚继光先前横屿大战，录前后战功，以戚继光为都督同知，世廕千户，代替俞大猷为总兵。
[21]
戚继光像
公元1564年（嘉靖四十三年）二月，倭寇余党纠合一万多人围攻
仙游，打了三天，戚继光率兵前往解围，倭寇败走，戚继光率军追击，追至王仓坪，斩首百余级，不少人都坠于悬崖摔死。余党数千人逃走占据漳浦蔡丕岭。戚继光分五
哨（古代军事编制单位）将士攀岩而上，与倭寇
短兵相接，连俘带杀一百多人。
[22] 剩下的倭寇劫掠渔船逃到海上，而后侵扰
福宁，戚继光率领李超等前往将其击败，又乘胜追至
永宁，杀死三百多人。
[23]
同年，潮州倭寇聚众二万，与海盗吴平互为犄角之势劫掠潮州，俞大猷率兵杀败倭寇，并将吴平招降，让吴平驻扎在梅岭。
[24] 但不久之后，吴平纠合被明军击败的流散倭寇一万多人，伙同
林道乾、曾一本先后在走马溪、泊浦澳登陆，洗劫南村堡和港口村。戚继光即刻率军前来围剿，吴平得知后放弃之前据守的梅岭，集合大船一百多艘，逃入南澳，并修筑大寨防御。
[25] 公元1565年（嘉靖四十四年），俞大猷率领水军，戚继光率领步兵，二人合力围剿吴平，吴平破败，孤身逃往凤凰山。
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